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/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00749 < prev    next >
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Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  35 lines
  1. ******************************************
  2. * Nuclear transition protein 2 signatures *
  3. ******************************************
  4.  
  5. In mammals, the second  stage  of  spermatogenesis  is  characterized  by  the
  6. conversion of  nucleosomal  chromatin   to  the  compact,  nonnucleosomal  and
  7. transcriptionally inactive form found in the sperm nucleus.  This condensation
  8. is  associated  with  a  double-protein  transition.   The  first   transition
  9. corresponds to the  replacement  of  histones  by  several  spermatid-specific
  10. proteins (also called transition proteins) which  are  themselves  replaced by
  11. protamines during the second transition.
  12.  
  13. Nuclear transition   protein  2  (TP2)  is  one  of  these  spermatid-specific
  14. proteins.  TP2 is a basic;  zinc-binding protein [1] of  116 to 137 amino-acid
  15. residues. Structurally,  TP2,  consist  of  three  distinct parts: a conserved
  16. serine-rich N-terminal  domain of about 25 residues; a variable central domain
  17. of 20  to  50  residues  which  contains cysteine residues; and a conserved C-
  18. terminal domain of about 70 residues which is rich in lysines and arginines.
  19.  
  20. We have  developed  two  signature  patterns  for  TP2:  one located in the N-
  21. terminal domain, the other in the C-terminal.
  22.  
  23. -Consensus pattern: H-x(3)-H-S-[NS]-S-x-P-Q-S
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26.  
  27. -Consensus pattern: K-x-R-K-x(2)-E-G-K-x(2)-K-[KR]-K
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Last update: June 1994 / First entry.
  32.  
  33. [ 1] Baskaran R., Rao M.R.S.
  34.      Biochem. Biophys. Res. Commun. 179:1491-1499(1991).
  35.